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镇江市农业科学研究所创立于1958年，系省属农业科学研究所，受江苏省农业科学院和镇江市人民政府双重领导。所下设丘陵农业资源深度开发利用研究，丘陵地区生态农业技术研究，丘陵农牧结合新技术研究，蔬菜花卉新品种选育，优质、高产、多抗粮油新品种选育，丘陵地区农作物病虫草害发生规律及控制技术研究6个公益性研究领域。分设植保、水稻、蔬菜花卉、果树、小麦和现代农业6个研究室，主要从事水稻、小麦、油菜和蔬菜花卉新品种的选育，草莓、葡萄、砂梨、桃等应时鲜果新品种的引进、选育和配套栽培技术研究以及植物保护新技术研究等。设有江苏省绿盾植保农药实验有限公司、江苏丰源种业有限公司、镇江瑞繁农艺有限公司和镇江万山红遍农业园4家农业科技型企业，主要从事生物环保农药的研究、开发与生产，水稻、油菜等粮油作物的选育和种子销售，蔬菜花卉新品种选育及种子出口，应时鲜果新品种引进、筛选及种苗繁育等业务。
作为一家从事农业科学研究的基层研究所，近年来瞄准现代农业的发展，将丘陵地区现代高效生态农业作为主攻方向，坚持走特色化、自主化、品牌化、合作化的道路，在粮油新品种选育、蔬菜花卉新品种选育、应时鲜果新品种引进及筛选、植保新技术、有机农业发展等领域不断拓展，先后启动了功能水稻选育、植物病虫害的生物防治、优质草花新品种的培育等特色研究，并取得良好进展。
搞好农业科学研究与开发的同时，镇江农科所依托园区建设的平台，采取“做给农民看、带着农民干、帮助农民销、实现农民富”的做法开展农业科技服务，培训农民、培育农民专家、推广先进实用的现代农业技术，这一做法成效显著，得到了胡锦涛总书记的充分肯定。
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